যেকোনো সার্জারির মতোই টনসিল অপারেশনের কিছু সাধারণ ঝুঁকি থাকে, তবে আধুনিক প্রযুক্তির কারণে এটি এখন অত্যন্ত নিরাপদ। অপারেশনের পর সাধারণত ১০-১৪ দিন গলায় ব্যথা থাকতে পারে এবং খাবার গিলতে সমস্যা হতে পারে। অনেক সময় অপারেশন পরবর্তী রক্তপাতের ঝুঁকি থাকে, যা খুব সামান্য ক্ষেত্রে ঘটে। অনেকে মনে করেন টনসিল ফেলে দিলে রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা কমে যাবে, কিন্তু এটি একটি ভুল ধারণা। গবেষণায় দেখা গেছে, যাদের টনসিল বারবার সংক্রমিত হয়, তাদের টনসিল ফেলে দিলে বরং তারা সুস্থ থাকে এবং শরীরের রোগ প্রতিরোধ ব্যবস্থা অন্যান্য অঙ্গের মাধ্যমে কার্যকর থাকে। অপারেশনের পর কয়েক দিন নরম এবং ঠান্ডা খাবার খাওয়ার পরামর্শ দেওয়া হয়।