অণু ও পরমাণুর মধ্যে পার্থক্য নিম্নরূপ-
| নং | অণু | পরমাণু |
| ১ | যৌগিক পদার্থের ক্ষুদ্রতম কণার নাম অণু। | মৌলিক পদার্থের ক্ষুদ্রতম কণার নাম পরমাণু। |
| ২ | অণু মুক্ত অবস্থায় থাকতে পারে। | পরমাণু মুক্ত অবস্থায় থাকতে পারে না। |
| ৩ | যেমন- পানির অণু H2O। | যেমন – পানিতে H ও O পরমাণু বিদ্যমান। |